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Die bakterielle Infektion muss als erstes behandelt werden. Deshalb beginnt die Therapie mit der Einweisung in die häusliche Mundhygiene sowie der Hygienephase mit professioneller Zahnreinigung in der Zahnarztpraxis. Ein Zahnarzt oder speziell ausgebildete Fachkräfte informieren wie Zähne und Zahnfleisch reinigt werden können und wie entsprechende Reinigungsinstrumente richtig eingesetzt werden.
Als erstes werden in der Vorbehandlung die Zahnfleischtaschen und Wurzeloberflächen gründlich unter örtlicher Betäubung (örtliche Schmerzausschaltung/Lokalanästhesie) gereinigt. Mit speziellen Instrumenten (z. B. Ultraschallinstrumente) werden die tief unter dem Zahnfleisch auf den Wurzeln der Zähne haftenden, harten Beläge entfernt und die Wurzeln geglättet (Kürettage). Eine geschlossene oder offene Kürettage wird von der Regel von der Krankenkasse bezahlt
Gewebeschonendere oft minimal invasive Therapien genannte Methoden ermöglichen es, auch tiefere Zahnfleischtaschen zu säubern. Diese müssen nicht mehr zwingend aufgeschnitten werden, um sie zu reinigen. In der ersten Phase der Parodontalbehandlung werden zudem "Schlupfwinkel" für Bakterien beseitigt, wie sie zum Beispiel bei überstehenden Kronenrändern oder beschädigten Füllungen vorkommen können. Primäres Ziel der Initialbehandlung ist die Entfernung der Keime, die die Erkrankung verursachen. Bereits stark gelockerte Zähne können gegebenenfalls stabilisiert werden, in dem sie auf der Rückseite durch eine Schiene miteinander verbunden werden. Bei dieser Therapie sollen die Zahnfleischtaschen reduziert und eine gesunde Bakterienflora hergestellt werden.
Um Keime zu reduzieren und auch an den tiefsten und nicht zugänglichsten Stellen der Zahnfleischtaschen zu erreichen, kann die Behandlung oft durch eine Antibiotikatherapie oder die Verabreichung spezieller Antibiotika in die Zahnfleischtaschen unterstützt werden. Durch das Einbringen von Chlorhexidin-Präparaten in die infizierten Zahnfleischtaschen wird ebenfalls eine Verringerung der Bakterien erzielt. Die Initialtherapie kann durch Spülen mit bakterienreduzierenden Lösungen unterstützt werden. Entsprechend dem Therapieplan werden patientenspezifische Maßnahmen zusammengestellt.
Voraussetzung für eine Antibiotikatherapie sind eine optimale Belagkontrolle und die gewissenhafte Mitarbeit des Patienten.
Verlorene Gewebe werden bei der klassischen Parodontaltherapie nur bedingt zurück gewonnen. Ist der Substanzverlust groß, muss nach Abschluss der beschriebenen konservativen (konventionellen) Therapie durch chirurgische Eingriffe neues Gewebe aufgebaut werden.